A presença do Cristianismo na região foi relatada por volta do ano 650 d.C., mas só se estabeleceu de fato na Indonésia através dos Jesuítas e Dominicanos que chegaram com os portugueses, em 1511. Esses grupos atuaram na região das Molucas, Sulawesi e Timor. Contudo, com a chegada de missionários protestantes holandeses no século XVII, acompanhando os colonizadores, os missionários católicos foram expulsos do país e a Igreja Reformada Holandesa Calvinista foi a única influência cristã no país por 300 anos. O cristianismo continua a ser uma religião forte no leste do país.
Estima-se que há aproximadamente 48 milhões de cristãos no país, incluindo católicos. Desses cristãos, 12,6% são protestantes e 7,2%, católicos. Embora hoje a Igreja enfrente sérios desafios, ela continua a crescer. Alguns acreditam que a taxa de crescimento anual dos evangélicos seja de 4%: 504 mil ao ano.
A Igreja indonésia está dividida em quase 400 denominações. Aproximadamente cem delas foram registradas na Aliança de Igrejas da Indonésia, a maior organização cristã do país. O governo reconhece a instituição como representante nacional dos cristãos. Contudo, muitas igrejas se mostram descontentes com ela, pois a Aliança não consegue canalizar a aspiração dos cristãos, mostrando-se reservada quando o assunto é a religião no país.
O governo fez regras estritas para o trabalho de missionários estrangeiros no país. A exceção é para as pessoas que tenham grau de mestrado e queiram contribuir para o desenvolvimento dos indonésios. Há organizações cristãs que realizam ministérios de ajuda humanitária e ação social na Indonésia.
